《沉默的艦隊》故事描述，一艘隸屬美軍第七機動艦隊的核能潛艦海蝙蝠號，在首度潛航測試中，向隨行的美軍潛水艦隊發動攻擊後消失於小笠原海域據未經證實消息顯示，海蝙蝠號為美日聯命建造，且配備大量核武，軍方此舉已明顯抵觸日本憲法所規定非反核三原則；此外，艦上乘員為原日本海上自衛隊潛艦山波號的官兵所編成，海蝙蝠號叛逃的意圖及動向備受關係。